PARTE I. REGENERACION DEMOCRATICA...

"Despolitización de la justicia.  Suprimir el Consejo General del Poder Judicial y asignar sus funciones al Presidente del Tribunal Supremo asistido por dos adjuntos. Será elegido por el Congreso de los diputados con el voto a favor de las dos terceras partes(...)."

Esto es un principio bastante serio para despolitizar la justicia que ahora claramente está demasiado politizada. Se puede modificar y llegar a acuerdos pero siempre con la visión de que el acuerdo sea realista, duradero y estable.

"Organización territorial del Estado: leal, eficaz, ciudadana. Clarificar el modelo autonómico, elaborando un listado de competencias exclusivas del Estado(...)"
Desde luego este punto choca pero no frontalmente con la opción federalista del PSOE. Se podría llegar a un acuerdo federalista aunque aquí el principal problema es la deriva independentista que han adoptado partidos catalanes y que es difícil de resolver. Supongo que si se ofrece por ciudadanos y PSOE una propuesta conjunta de corte federalista y el individuo catalán se enfrenta a una independencia unilateral o una mejora de su estatuto, decidirá por lo segundo y conseguiremos 20 años de paz. Desde luego el acuerdo del PP y PSOE con los catalanes de cerrar los ojos ante su corrupción como parte del acuerdo debe ni siquiera ser contemplado porque es una de las cusas fundamentales del desequilibro económico catalán y español.
"Una cartera de servicios común en toda España. Establecer una financiación territorial equitativa(...)"
Este punto entraría en un acuerdo con el PSOE y seguramente PODEMOS en relación con el anterior y es bastante sensato por lo que no habría problema en llegar a un acuerdo.

"UNA ADMINISTRACION  MAS EFICIENTE. Suprimir las diputaciones,el Senado y crear el consejo de presidentes(...) Fusionar municipio(...)"
Desde luego las diputaciones son un nido de corrupción como se está demostrando en Valencia y en otros lugares. Además se usan para potenciar el clientelismo de la política y defraudar el espíritu de la democracia. Desde un punto de vista de la eficacia es ineficaz, cara y poco transparente. El Senado actualmente se llama cámara alta y fue diseñado en el siglo XIX  semejante de la cámara de los Lores inglesa para dar cobijo a la clase alta española. Actualmente no es útil, es una redundancia  cara cuyo gasto es de unos 70 millones al año con poca utilidad real. Es además el retiro de muchos que se han cansado de trabajar y ahora el PP si se va a la oposición dice que lo usará para reventar la cámara baja. En cuanto a los municipios no se debe obligar pero sí potenciar una reducción de los mismos. En Europa tienen menos municipios y en Francia en los últimos años se han reducido. No es normal tener alcaldes en municipios de 100 habitantes. Si se les ayuda y los ciudadanos ven que 4 municipios pequeños pueden juntarse con un sólo alcalde y uniendo recursos, seguro que las diputaciones serán redundantes y los costes operativos de los municipios y la oferta de los mismos serán mejores.  
Por lo tanto, una eliminación de las diputaciones y una potenciación voluntaria de los municipios sería una buena idea.  El Senado en su modelo actual es inútil y caro. Se podría reformar pero con visión clara de su intención, reducir el coste y que no sirva para que duerman elefantes vetustos. La votación para el Senado es engorrosa y se debería revisar. Quizás el modelo de Cs no fuera el último adoptado pero es una buena base para comenzar a dialogar. No se habla aquí de las provincias, pero quizás fuera adecuado comenzar por replantearse las provincias en sí y potenciar la fusión de municipios transfonteriza, sin tener en cuenta las provincias. Fue una estructura de que sirvió por un tiempo pero ahora está completamente desfasada. Hay que hacerla obsoleta que caiga por su propia inutilidad. Con el tiempo incluso las mismas comunidades autónomas será  sobrepasadas por la realidad de los municipios cooperando entre sí, independientemente del lugar donde se hallen..
"Una nueva ley electoral. Impulsar una nueva ley (...)"
El sistema que propone ciudadanos es demasiado complicado. Hay muchas personas en España cuyo nivel cultural es bajo y no lo entenderían. Tampoco está claro que para España fuera el adecuado.  Además  está ligado al acuerdo del sistema de administración del estado si se llega a un estado federal.  Yo sería partidario de primero explicar el actual, que es engorroso para el Senado, que permite que los elegidos por los afiliados puedan ser eliminados por la cúpula de los partidos,  con una lealtad de los diputados a unos pocos que les dicen qué votar. Se debe potenciar y clarificar una transparencia en los partidos importante, una democratización de la elección en los partidos para presentarse ( acaso es normal que haya mas democracia en una fundación que en un partido político?). Yo creo que ahora se sobrerepresenta Cataluña y el País vasco y valen más el voto de unas personas que otras. Eso debe acabar. También debiera se obligatorio las listas abiertas. En cualquier caso debe ser un sistema sencillo, abierto, que ayude al diputado independiente. El sistema que propugna Cs es demasiado complicado y no estoy seguro de su eficacia en mejorar el que tenemos. 
"Europa y más Europa(...)"
Completamente de acuerdo. Europa nos ha beneficiado enormemente y es una garantía de mejora. Tiene sus puntos negros pero en conjunto debemos considerar Europa como parte de nuestro ADN.